Laboratorium MA Islamic Centre Kab. Cirebon memiliki luas bangunan 13 x 8 meter dan terletak di lantai 2 sebelah utara bangunan madrasah. Laboratorium MA Islamic Centre Kab. Cirebon memiliki bangunan yang cukup sehingga memiliki kapasitas yang memadai sekitar 40 siswa. Alat dan bahan yang disediakan di Laboratorium MA Islamic Centre Kab. Cirebon ini cukup untuk memenuhi proses pembelajaran yang dilaksanakan yaitu kebutuhan praktikum di jenjang madrasah aliyah. Selain itu Laboratorium MA Islamic Centre Kab. Cirebon ini diampu oleh 3 guru, yaitu Bapak Abdul Hafid Sholihan, S.Pd. (guru Biologi), Ibu Sri Ponningsih, S.Pd (guru Fisika) dan Ibu Farida, S.Pd (guru Kimia).
Laboratorium merupakan sarana penting untuk menunjang pelaksanaan pembelajaran di MA Islamic Centre Kab. Cirebon. Selain untuk praktikum laboratorium MA Islamic Centre Kab. Cirebon ini sering digunakan untuk proses pembelajaran biasa karena fasilitas yang disediakan sangat memadai dan memberikan kenyamanan kepada siswa.
